Llegó a Madrid a principios de 1586 y fue alumno de Philippe Rogier hasta que fue promovido al rango de cantor el 1 de diciembre de 1593. A la muerte de Felipe II continuó en el servicio de Felipe III y posteriormente de Felipe IV hasta su muerte. Desde 1616 en adelante combinó sus deberes como cantor real y compositor con los de maestro de capilla en el Convento de la Encarnación, Madrid.

El 26 de febrero de 1602 fue investido por el Archiduque Albrecht y la Archiduquesa Isabel con una prebenda en Andenne (a la que renunció en favor de su hermano en 1616) y el 2 de junio de 1614 con un beneficio en la capilla de St Jean-Baptiste en el castillo de Namur. Según Gaspar de Arratia, un copista de la capilla real de Madrid a principios del siglo XVII, Dupont fue muy considerado como compositor en España y podría haber sido allí director musical de alguna capilla.

Diego de Pontac estuvo entre sus alumnos. Hay un villancico de cinco partes de Dupont, y el catálogo de la biblioteca del Rey Joao IV de Portugal, destruido en el terremoto de Lisboa de 1755, registraba otras 20 obras suyas, sacras y seculares, para tres a ocho voces; cinco con textos latinos, cuatro en español y 11 en francés.